Kimi Ni Todoke raconte l'histoire d'une jeune fille nommée Sawako Kuronuma, qui en entrant au Lycée se promet une chose : se faire des amis. Mais, des tas d'obstacles se posent entre elle et ses camarades. En effet, Sawako possède une apparence qui laisse (presque) tout le monde perplexe. Avec une peau pâle, des cheveux longs et noirs et un regard sombre, Sawako devient celle qu'on fuit, qu'on craint et dont on se moque. De plus ses camarades l'ont surnommé Sadako (en référence au film Ring) dû aux rumeurs qui évoquaient le fait que Sawako aurait le don de parler aux fantômes ! Mais, même si la persévérance reste son atout, en étant timide et réservée, son manque de confiance en soi ne la rapproche pas des autres.
Mais, quand le jour où le garçon le plus aimable et populaire de la classe commence à lui parler, tout change alors pour Sawako. Kazehaya, sûrement en la saluant tous les matins, montre qu'il ne faut pas juger les personnes sur leur apparence.